Fin dai tempi di San Benedetto (480-548) gli studi hanno sempre fatto parte della vita monastica, prima di tutto per gli stessi monaci, poi per i giovani destinati alla vita monastica, offerti al monastero come oblati dai loro genitori, poi nelle scuole claustrali per i figli di nobili nell’alto Medioevo e più tardi attraverso gli studi presso le università medievali di Parigi e di Oxford. Il Rinascimento e soprattutto la Riforma Cattolica, del XVI secolo, hanno condotto a una rinascita non solo della vita monastica stessa ma anche degli studi accademici dei benedettini, come appare particolarmente a riguardo alla Congregazione francese di S. Mauro, fondata nel 1632, i cui membri, per esempio Dom Jean Mabillon, furono tra i fondatori della erudizione moderna. A causa delle vicissitudini della rivoluzione francese e del conseguente virtuale collasso della vita benedettina in gran parte dell’Europa, la straordinaria ripresa di quella vita alla fine della prima metà del diciannovesimo secolo ha portato con sé un rifiorire degli studi accademici nei monasteri benedettini. È in questo contesto che la (ri)fondazione di S. Anselmo deve essere intesa. Il Collegio di S. Anselmo, originariamente fondato nel 1687 da Papa Innocenzo XI, fu restaurato e affidato alla intera Confoederatio Benedictina da Papa Leone XIII nel 1887.

La Badia di S. Anselmo è stata rifondata:
per rafforzare l’unione tra i vari gruppi dei Benedettini, le cosiddette “Congregazioni”,
per offrire una solida formazione accademica ai monaci provenienti da tutto il mondo e
per stimolare attraverso i contatti dei Benedettini il rapporto con le chiese orientali, la maggior parte delle quali sono fortemente segnate dal monachesimo.
Dall’inizio S. Anselmo si guadagnò una reputazione per una ricerca sulle fonti, una riflessione storico-critica, biblico-patristica, simbolico-sapienziale, con studiosi come A. Stolz, C. Vagaggini, K. Möhlberg, M. Löhrer, K. Hallinger, S. Marsili, B. Studer, A. De Vogue, J.Leclercq. Inoltre, fin dall’inizio ha fornito la Santa Sede di consultori competenti per i vari dicasteri della Curia Romana, nonché l’aiuto specialistico in progetti specifici, come il Codex Iuris Canonici di 1917 (Cardinale Giustiniano Serédi OSB) e anche quello del 1982 (Vescovo Viktor Dammertz OSB). Un coinvolgimento speciale era quello della produzione del Messale Romano del 1970, soprattutto nella composizione delle preghiere eucaristiche da parte del già menzionato Prof. Cipriano Vaggagini.

Informalmente autorizzato a conferire gradi accademici pontifici in teologia dal 1891, questo diritto è stato formalizzato nel 1914 da un decreto di San Pio X con incluso il diritto di conferire gradi in altri due facoltà, quelle di filosofia e di diritto canonico. Questo decreto ha messo S. Anselmo alla pari con le altre Università Pontificie di Roma. A seguito di una riorganizzazione degli studi dopo gli anni di crisi della prima guerra mondiale, quando l’Ateneo venne chiuso per quattro anni, la facoltà di diritto canonico fu sospesa nel 1925 e sotto una nuova ratio studiorum dello stesso anno l’Ateneo si concentrava sull’insegnamento della teologia e della filosofia.

Mentre la ratio studiorum del 1925 è rimasta la base normativa, la facoltà di teologia iniziò a sviluppare specializzazioni di insegnamento e di ricerca, che a loro volta hanno portato alla fondazione di due istituti all’interno della facoltà, l’Istituto della Ricerca Liturgica nel 1950 e l’Istituto Monastico nel 1952. L’Istituto della Ricerca Liturgica è diventato quello che è probabilmente il più grande contributo di S. Anselmo alla Chiesa universale quando, nel 1961, sotto il Santo Papa Giovanni XXIII, è stato riconfigurato come il Pontificio Istituto Liturgico, il primo Istituto di tale genere nel mondo. Questo Istituto, nel anno 1978, divenne una Facoltà a sé stante e con oltre 200 studenti è ora la più grande delle tre Facoltà. Rimane comunque ancora l’unica Facoltà di liturgia nel mondo con il diritto di conferire gradi in Sacra Liturgia.

Dopo il Concilio Vaticano II (1962-1965), dal 1968 la Congregazione per l’Educazione Cattolica, ha completamente riorganizzato gli studi ecclesiastici. Il nuovo piano di studi ecclesiastici richiede due anni di specializzazione – dopo gli studi di base filosofici e/o teologici – prima di ottenere il grado accademico superiore della “licenza”. Questo requisito ha fatto si che sorgessero, a partire dal 1972, delle specializzazioni in “Studi monastici” (nell’Istituto Monastico), “Teologia dogmatico-sacramentaria”, “Filosofia delle religioni” e, nell’anno 2000, in “Storia della teologia” (Istituto di Storia della Teologia Jean Mabillon). Queste specializzazioni sono state aggiornate all’inizio del 2012. L’intero programma dell’Istituto Monastico è stato sottoposto a una revisione fondamentale. Il risultato di questa revisione è che la specializzazione in “Studi monastici” è stata mutata nella specializzazione in “Teologia spirituale monastica”. Costituià una innovazione anche il programma, attualmente in cantiere, sulla “Spiritualità benedettina e la gestione delle imprese”.